“子午”一词， 最早在中医书是见于《灵枢•卫气行》：“岁有十二月，日有十二辰，子午为经，卯酉为纬”。“流注”二字，最早见于《灵枢•营气》，营气在经脉中流、注运行。“流注”一词在魏晋以前就有以之命名的专书出现，如晋葛洪《抱朴子》云：“……自非旧医备览《明堂流注》、《偃侧图》者，安能晓之哉？”隋以前有《流注针经》，唐以前有《经脉流注图经》。金元时期的《子午流注针经》云：“是故流者，行也，注者，住也。盖流者要知经脉之行流也；注者谓十二经脉各至本时皆有虚实邪正之气，注于所行之穴也”。“流注”，是指气血在十二经脉中按一定时间规律而流行灌注。“子午流注”，是关于不同时间里人体阴阳气血运行的不同状态而选取十二经脉肘膝关节以下66个穴位进行治疗的针灸取穴的方法及其理论。它是在天人相应思想的基础之上，吸收天干、地支等天文历法知识，结合阴阳、五行、运气学说的内容，根据针灸临床的实践而逐渐形成的，从现存文献来看，其形成标志是《子午流注针经》的诞生。

《针灸医学史》林昭庚•鄢良/著