葛洪倡导以针灸救治急证，为其突出特色。《肘后备急方》共收录针灸处方109首，其中99首广泛应用于内、外、妇、儿、五官等科，30多种病症。对其作用、效果、操作、技巧、忌宜等，都做了全面的阐述，为记载古代针灸治疗的早期文献之一，内容丰富。其主要理论大致可归纳为以下几点。  

  (一)急证用灸  

《肘后方》提出以灸法救治卒中、恶死、昏厥、寒湿、霍乱、吐泻、癫狂、痈疽、狂犬咬伤、蝎螫等卒发急证,用穴较少，记忆方便，施灸方便。葛氏书中选用四肢穴位及部位共42处，于远端腕、踝关节以下者20处，如“治卒狂言鬼语方”处方为“针其足大拇指爪甲下少许，即止”，“治下利不止者"处方为“灸足大指本节内侧寸白肉际，左右各七壮，名大都”，“治卒吐逆方”处方为“灸两手大拇指内边爪后第--纹头各一壮”，“治卒中急风，闷乱欲死方处方为“灸两足大指横纹中，随年壮”，“治卒中恶短气欲死”处方为“灸足两拇指上甲后聚毛中，各十四壮，即愈”等。古人喻经气运行如自然界之水流，由四末之井至肘膝之合。经脉之气由小到太，由浅入深，治病求本当从此出发，实则泻之，虚则补之，能促使经气恢复，在急症治疗具有重要意义。

  (二)以灸补阳  

 《肘后方》以--壮、三壮、五壮、七壮为基数，然后以七为倍数加壮，为二七壮、三七仕、四七壮等。以七为阳数的代表，加倍翻番，其先阳后阴，从阴到阳，以阳治阴等治疗原则，无不体现了其以补阳为主的学术见解。

  (三)灸不固定用艾，灸亦可隔物  

 《肘后方》为便于急救，除应用艾灸外，在仓促无艾时，亦用竹茹、黄蜡、纸屑等为代用品，其中，竹茹、黄蜡，既有艾炷的温键作用，又有艾炷所没有的清热开窍,通经活络等特点，因此，它们是艾炷的理想的代用品。  葛氏书中载隔物灸方7首.包括隔蒜灸、隔盐灸、隔椒灸、隔面灸、隔瓦甑灸等，是对隔物灸的最早记载，如“以盐填脐，上灸二七壮，治卒霍乱。”“搜面团肿头如钱大，满中按椒，以面饼子盖头上，灸令彻痛”。治疗-切毒肿疼痛不可忍者，“取独颗蒜横截厚--分，安肿头上，炷如梧桐子大，灸蒜上百壮”以消肿。葛氏隔物灸对后世灸法影响很大，隔物的品种不断扩展，治疗病种日益广泛，隔物灸具有艾灸和药物的双重作用，而且施灸时火力温和，没有灼痛，患者易于接受，现今仍为临床所常用。  

  (四)重视辨证，不可妄灸   

  葛氏重视辨证，强调“但明次第，莫为乱灸，须有其病，乃随病灸之。”不同疾病不同灸方，同一疾病不同证候，灸方相异。如在治疗中风诸急症方中，罗列了22种中风的不同症状表现及治疗方法。对后世辨证施灸的思想确立产生了深远影响。